Анализ образца мокроты включает макроскопическую оценку, микроскопический просмотр препарата, бактериологический посев и, при показаниях, ПЦР‑тестирование на специфических возбудителей (например, Mycobacterium tuberculosis, устойчивые бактерии, вирусы дыхательных путей). Исследование позволяет выявить причины инфекции нижних дыхательных путей, оценить наличие воспалительных, атипичных или грибковых клеток, а также определить чувствительность обнаруженных микроорганизмов к антибиотикам. Образец собирают утром натощак в стерильный контейнер после глубокого кашля, чтобы получить бронхолёгочный секрет, а не слюну. Результаты важны для подбора адекватной антибактериальной терапии, мониторинга хронических лёгочных заболеваний (ХОБЛ, бронхоэктазы) и дифференциальной диагностики туберкулёза.